Činnost Ústavu patologie jako pracoviště 3. lékařské fakulty UK a Fakultní nemocnice Královské Vinohrady je tradičně rozdělena do tří hlavních směrů, které se vzájemně prolínají a tvoří tak jeden organický celek. Tyto směry představují pedagogická a vědeckovýzkumná činnost a zdravotnická činnost.
Pedagogická činnost ústavu zahrnuje výuku patologie pregraduálního bakalářského studia zdravotní vědy, fyzioterapie, veřejné zdravotnictví a ošetřovatelství a magisterského studijního oboru všeobecné lékařství a postgraduální výchovu studentů doktorského studijního programu.
Vědeckovýzkumná činnost je soustředěna výzkumného záměru MŠMT MSM0021620808 s názvem ?Molekulárně biologické, genetické a epigenetické aspekty vzniku a rozvoje modelových tumorů dospělého věku. Význam pro epidemiologii, časnou diagnostiku a léčbu? a na řešení grantových projektů, kde jsou pracovníci hlavními řešiteli nebo spoluřediteli. Navíc někteří pracovníci ústavu spolupracující s pracovišti některých významných vědeckých institucí např. MZd a AV ČR.
Zdravotnická činnost ústavu zahrnuje oblast nekrotickou, bioptickou a cytologickou.