• Ústav anatomie 3. LF UK
• Ústav biochemie, buněčné a molekulární biologie 3. LF UK
• Ústav epidemiologie a biostatistiky 3. LF UK
• Ústav etiky a humanitních studií 3. LF UK
• Ústav farmakologie 3. LF UK
• Ústav fyziologie 3. LF UK
• Ústav histologie a embryologie 3. LF UK
• Ústav hygieny 3. LF UK
• Ústav imunologie a klinické biochemie 3. LF UK
• Ústav jazyků a lékařské terminologie 3. LF UK
• Ústav lékařské biofyziky a lékařské informatiky 3. LF UK
• Ústav lékařské genetiky 3. LF UK
• Ústav ošetřovatelství 3. LF UK
• Ústav patofyziologie 3. LF UK

Společné s Fakultní nemocnicí Královské Vinohrady

• Ústav patologie 3. LF UK a FNKV
• Ústav soudního lékařství 3. LF UK a FNKV

Společné s Fakultní nemocnicí Královské Vinohrady a Státním zdravotním ústavem

• Ústav mikrobiologie 3. LF UK, FNKV a SZÚ

Společné s Fakultní Thomayerovou nemocnicí

• Ústav patologie a molekulární medicíny 3. LF UK a FTN