Naše laboratoř je orientována na mitochondriální funkci, nádorovou biologii a kardiovaskulární výzkum.
Výzkum mitochondrií:
metabolismus železa
oxidativní stres
transport látek skrze mitochondriální membránu
vliv léčiv a environmentálního prostředí na mitochondriální funkci
Nádorová biologie:
kultivace organoidů a 2D buněčných kultur primárních vzorků získaných odběrem z pankreatického adenokarcinomu pacientů
personalizovaná genotypizace, metabotypizace a farmakotypizace pankreatického nádoru z biopsie pacienta
zkoumání komunikace nádorových buněk na buněčné úrovni
výzkum chemoterapeutické rezistence
Kardiovaskulární výzkum:
patofyziologie fibrilace síní
výzkum molekulárních účinků nových katetrizačních metod v arytmologii
genová transfekce kardiomyocytů
buněčné a tkáňové kultivace (organoidy)
konfokální a fluorescenční mikroskopie
analýza buněčné respirace a metabolismu
průtoková cytometrie
analýzy proteinové a genové exprese
elektroporace buněčných membrán
fluoro/spektro/luminiscenční analýzy
statistické analýzy v souladu s principy otevřené vědy (Open Science) včetně sdílení experimentálních dat a analytických skriptů s preferencí bayesiánských inferenčních metod (R-studio, Matlab)
Vedoucí laboratoře:
· absolvent všeobecného lékařství na 3. LF UK, postgraduálního studia biochemie a historie a filosofie vědy na Univerzitě v Cambridge a pedagogiky medicíny na Karolinska Institutet ve Stockholmu
· vedoucí Laboratoře metabolismu a bioenergetiky od roku 2010 a Ústavu biochemie, buněčné a molekulární biologieod roku 2017
· zabývá se mitochondriální funkcí a dysfunkcí, mitochondriálně cílenými léčivy, metabolismem nádorové tkáně a bayesiánským modelováním
Odborní asistenti:
· absolventka doktorského studia Molekulární a buněčné biologie a genetiky na Přírodovědecké fakultě Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích
· specializuje se na výzkum pankreatického duktálního adenokarcinomu
· zaměřuje se na zlepšení cílené léčby a výzkum chemoterapeutické rezistence nádorů slinivky břišní
· pracuje s primárními 2D i 3D buněčnými kulturami, buněčnými liniemi, provádí genovou transfekci, klonování, konfokální a fluorescenční mikroskopii, měří metabolismus, buněčnou respiraci a proteinovou expresi
· má zkušenosti v oblasti molekulární a buněčné biologie, biochemie, včetně vývojové a nádorové biologie
Post-doci:
· absolventka fyziologie živočichů a člověka na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy a postgraduálního studia Patofyziologie člověka na 3. lékařské fakultě Univerzity Karlovi
· specializuje se na patofyziologii kardiovaskulárních onemocnění
· zaměřuje se na zvýšení bezpečnosti a efektivity srdeční ablace arytmogenních vad myokardu
· pracuje s buněčnými kulturami, provádí ireverzibilní elektroporaci a elektrotransfekci, pracuje s fluorescenčním mikroskopem, měří metabolismus a expresi proteinů, analyzuje a vizualizuje data programem Matlab
Vědečtí pracovníci:
· absolventka bakalářského oboru biochemie a biotechnologie na fakultě potravinářské a biochemické technologie na Vysoké škole chemicko-technologické, nyní studentka navazujícího inženýrského oboru biochemie
· specializuje se na metabolismus nádorové biologie
· zaměřuje se na vliv buněčného cyklu na buněčnou odpověď buňky na chemoterapeutika
· provádí buněčné kultivace, farmakotypizaci buněčných linií a primárních kultur, pracuje s fluorescenčním mikroskopem, průtokovým cytometrem, měří metabolismus a expresi proteinů
Studenti postgraduálního studia:
· absolventka oboru Organická chemie na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy
· specializuje se na mitochondriálně cílené látky a metabolismus železa
· zaměřuje se na studium derivátů deferipronu cílených do mitochondrií a jejich vliv na metabolismus železa v rakovinných buňkách
· provádí buněčné kultivace, fluorescenční mikroskopii, měří metabolismus, proteinové exprese, HPLC, LC-MS, analyzuje a vizualizuje data v programu R, provádí bayesiánské modelování a zabývá se komunikací vědy
· absolvent molekulární biologie na Přírodovědecké fakultě Univerzity Komenského v Bratislavě
· specializuje se na metabolismus pankreatických nádorů
· zaměřuje se na mechanismus regulace laktátového transportéru MCT1 a vliv živin na jeho funkci v pankreatických nádorech
· provádí buněčné kultivace, pracuje s fluorescenčním mikroskopem a průtokovým cytometrem, měří metabolismus a expresi proteinů
· absolvent všeobecného lékařství na 3. Lékařské fakultě Univerzity Karlovy, lékař Interní kliniky FNKV a 3. LF UK
· specializuje se na patofyziologii duktálního adenokarcinomu pankreatu
· zaměřuje se na výzkum mechanismů chemoterapeutické rezistence u pankreatického duktálního adenokarcinomu, zejména na vývoj rezistence při nízkých koncentracích cytostatických látek
· provádí buněčné kultivace, pracuje s fluorescenčním mikroskopem, měří metabolismus, buněčnou respiraci, expresi proteinů
Studenti pregraduálního studia:
Alice Kapáková
David Kvapil
Kateřina Šmejkalová
Tomáš Wolf
Alumnae/i:
Mgr. Anežka Kafková, Ph.D.
Mgr. Zdeňka Syrová, Ph.D.
Mgr. Jana Tůmová (Patková), Ph.D. (2009-2016)
Moustafa Elkalaf, MBBCh, Ph.D. (2009-2019)
Farmakotypizace, metabotypizace, genotypizace a výzkum chemoterapeutické rezistence pankreatického duktálního adenokracinomu
Buněčná komunikace nádorových buněk – tunneling nanotubes
Metabolismus laktátu pankreatického duktálního adenokarcinomu
Metabolismus železa v nádorových buňkách
3/2024-12/2028 - Veřejná soutěž Programu ZEMĚ II – Ministerstvo zemědělství - QL24010123 - Poruchy reprodukce prasat - zátěž chovů škodlivými látkami. Spoluřešitelka: Stanislava Martínková
2024/2026 - GAUK 108624 - Mechanismy vývoje chemorezistence u adenokarcinomu pankreatu při nízkých koncentracích cytostatik. Hlavní řešitel: Mário Boďo
UNCE 24/MED/015 - Výzkum vlivu patofyziologických mechanismů v moderní léčbě kardiovaskulárních chorob
Biofyzikální a bezpečnostní aspekty ablace pulzním polem (ireverzibilní elektroporace) kardiomyocytů a okolní tkáně in vitro
Seahorse XFp a XF24 - analýza buněčné respirace a anaerobní glykolýzy v reálném čase
Elektroporační systém TONAGENA pro adherentní kultury
MRC Mitochondrial Biology Unit, University of Cambridge
Interní klinika 3. LF UK, Fakultní nemocnice Královské Vinohrady
Kardiologická klinika 3. LF UK, Fakultní nemocnice Královské Vinohrady
Interní klinika 3. LF UK, Nemocnice na Bulovce
Ústav histologie a embryologie, Lékařská fakulta Masarykovy univerzity
Fakulta biomedicínského inženýrství ČVUT v Praze
Laboratoř Věry Vávrové Pediatrické kliniky 2. LF UK a FN Motol
Výzkumný ústav živočišné výroby v.v.i., oddělení Biologie reprodukce-Regulace zrání savčích oocytů
Ústav živočišné fyziologie a genetiky Akademie věd ČR, v. v. i.., Laboratoř biochemie a molekulární biologie zárodečných buněk
Tonagena s.r.o.
Zloh, Miloslav, Patrik Kutilek, Jan Hejda, Ivana Fiserova, Jan Kubovciak, Masaaki Murakami, and Andrea Stofkova. 2024. “Visual Stimulation and Brain-Derived Neurotrophic Factor (BDNF) Have Protective Effects in Experimental Autoimmune Uveoretinitis.” Life Sciences 355 (October). https://doi.org/10.1016/j.lfs.2024.122996
Acimovic I, Gabrielová V, Martínková S, Eid M, Vlažný J, Moravčík P, Hlavsa J, Moráň L, Cakmakci RC, Staňo P, Procházka V, Kala Z, Trnka J, Vaňhara P. (2024). Ex-vivo 3D cellular models of pancreatic ductal adenocarcinoma: from embryonic development to precision oncology. Pancreas. 2024 Jul 30. doi: 10.1097/MPA.0000000000002393. Epub ahead of print. PMID: 39074056.
Fiserova, Ivana, Ondrej Fiser, Marek Novak, Jan Trnka, Antonia Gibalova, David Kvapil, Barbora Bacova, Marek Hozman, Dalibor Herman, Klara Benesova, and Pavel Osmancik. 2024. “Significant Hemolysis Is Present during Irreversible Electroporation of Cardiomyocytes in Vitro.” Heart Rhythm. doi: 10.1016/j.hrthm.2024.08.019.
Osmancik, Pavel, Barbora Bacova, Dalibor Herman, Marek Hozman, Ivana Fiserova, Sabri Hassouna, Vaclav Melenovsky, Jakub Karch, Jana Vesela, Klara Benesova, and Vivek Y. Reddy. 2024. “Periprocedural Intravascular Hemolysis During Atrial Fibrillation Ablation: A Comparison of Pulsed Field With Radiofrequency Ablation.” JACC: Clinical Electrophysiology 10(7):1660–71. doi: 10.1016/j.jacep.2024.05.001.
Lucie J. Lamačová, and Jan Trnka. 2024. “Chelating Mitochondrial Iron and Copper: Recipes, Pitfalls and Promise.” Mitochondrion. Elsevier B.V. https://doi.org/10.1016/j.mito.2024.101903.
Žalmanová T, Hošková K, Prokešová Š, Nevoral J, Ješeta M, Benc M, Yi YJ, Moravec J, Močáryová B, Martínková S, Fontana J, Elkalaf M, Trnka J, Žáková J, Petr J. (2023). The bisphenol S contamination level observed in human follicular fluid affects the development of porcine oocytes. Front Cell Dev Biol.Apr 6;11:1145182. doi: 10.3389/fcell.2023.1145182. PMID: 37091980; PMCID: PMC10115966.
Anežka Kafková, Lisa Tilokani, Filip Trčka, Veronika Šrámková, Marie Vancová, Tomáš Bílý, Jana Nebesářová, Julien Prudent, and Jan Trnka. 2023. “Selective and Reversible Disruption of Mitochondrial Inner Membrane Protein Complexes by Lipophilic Cations.” Mitochondrion 68 (January):60–71. https://doi.org/10.1016/j.mito.2022.11.006.
Fiserova I, Trinh MD, Elkalaf M, Vacek L, Heide M, Martinkova S, Bechynska K, Kosek V, Hajslova J, Fiser O, Tousek P, Polak J. (2022). Isoprenaline modified the lipidomic profile and reduced β-oxidation in HL-1 cardiomyocytes: In vitro model of takotsubo syndrome. Front Cardiovasc Med. Aug 22;9:917989. doi: 10.3389/fcvm.2022.917989. PMID: 36072861; PMCID: PMC9441769.
Michal Šíma, Stanislava Martínková, Anežka Kafková, Jan Pala, and Jan Trnka. 2022. “Cell-Tak Coating Interferes With DNA-Based Normalization of Metabolic Flux Data.” Physiological Research 71 (4): 517–26. https://doi.org/10.33549/physiolres.934855.
Michal Zuzčák, and Jan Trnka. 2022. “Cellular Metabolism in Pancreatic Cancer as a Tool for Prognosis and Treatment (Review).” International Journal of Oncology. Spandidos Publications. https://doi.org/10.3892/IJO.2022.5383.
J. Fontana, S. Martínková, J. Petr, T. Žalmanová, J. Trnka. Metabolic cooperation in the ovarian follicle. Physiol. Res. 69: 33-48, 2020; doi: 10.33549/physiolres.934233
Moráň Lukáš; Pivetta Tiziana; Masuri Sebastiano; Vašíčková Kateřina; Walter Franziska; Prehn Jochen; Elkalaf Moustafa; Trnka Jan; Havel Josef; Vaňhara Petr. Mixed copper(ii)-phenanthroline complexes induce cell death of ovarian cancer cells by evoking the unfolded protein response. Metallomics,11,9,1481-1489
Moráň, Lukáš, Tiziana Pivetta, Sebastiano Masuri, Kateřina Vašíčková, Franziska Walter, Jochen Prehn, Moustafa Elkalaf, Jan Trnka, Josef Havel, and Petr Vaňhara. 2019. “Mixed Copper(Ii)-Phenanthroline Complexes Induce Cell Death of Ovarian Cancer Cells by Evoking the Unfolded Protein Response.” Metallomics 11 (9): 1481–89. https://doi.org/10.1039/c9mt00055k.
3. lékařská fakulta
Univerzita Karlova
Ruská 87, 100 00 Praha 10
tel.: +420 267 102 111
IČO: 00216208, DIČ: CZ00216208
Další kontakty a bankovní spojení
